LinkR
Introduction
LinkR est une application web qui permet la visualisation et l’analyse des données de santé.
L’application est codée en R à l’aide de la bibliothèque Shiny. Elle utilise le modèle de données commun OMOP.
A qui s’adresse LinkR ?
L’application est destinée :
- aux professionnels de santé, une interface intuitive permet aux professionnels de santé d’analyser des données et de mener des études sans avoir de connaissances avancées en programmation.
- aux data scientists et statisticiens, LinkR offre un accès à un environnement complet en R et Python, permettant aux data scientists et statisticiens d’exploiter toutes les fonctionnalités de l’analyse avancée des données.
- étudiants en santé, des tutoriels intégrés dans l’application offrent aux étudiants en santé l’opportunité d’apprendre et de pratiquer l’analyse des données dans le domaine de la santé.
Ainsi, LinkR facilite le travail collaboratif.
Aperçu rapide
Utilisez une interface graphique intuitive pour visualiser les données agrégées des patients. Générez et, si nécessaire, modifiez le code R correspondant directement à partir des graphiques que vous créez.
Explorez les données patient par patient. En passant d’un patient à l’autre, les graphiques sont mis à jour dynamiquement pour refléter les données spécifiques de chaque patient.
Améliorez la collaboration en équipe grâce à notre système de messagerie intégrée. Échangez des messages avec les membres de l’équipe pour vous entraider.
Partage et open science
LinkR est une application open source.
Elle contribue à la science ouverte en permettant le partage :
- d’études : importez et exportez vos études en un clic, reproduisez des études avec vos propres données.
- de scripts : partagez des scripts interopérables, grâce à l’utilisation du modèle de données OMOP commun.
- de plugins : contribuez à l’amélioration de l’application en créant des plugins et en les partageant.
Installation
La bibliothèque remotes doit être installée, vous pouvez l’installer avec :
install.packages("remotes")Vous pouvez installer la version de développement depuis Framagit, avec :
remotes::install_gitlab("interhop/linkr/linkr", host = "framagit.org")Lancer l’application
Pour lancer l’application Shiny, exécutez :
linkr::linkr(language = "fr")Vous pouvez utiliser les arguments suivants dans la fonction linkr :
- language : choisissez dans quelle langue l’application sera lancée ; “en” et “fr” sont disponibles.
- app_folder : par défaut, les fichiers de l’application sont enregistrés dans le dossier principal (path.expand(“~”) pour connaître le dossier). Vous pouvez changer ce dossier en spécifiant le dossier cible dans cet argument.
- local : TRUE ou FALSE pour permettre à l’application d’accéder à Internet.
- show_home_page : TRUE ou FALSE pour afficher les pages d’accueil (vue d’ensemble, actualités, tutoriels…).
Consultez ?linkr::linkr pour plus d’informations.
Le premier chargement peut prendre quelques minutes pour créer la base de données de l’application et télécharger les données par défaut.
Utilisez “admin” comme identifiant et mot de passe pour votre première connexion.
Contributions
LinkR a besoin d’aide pour évoluer ! Vous pouvez contribuer en créant des plugins ou en aidant à améliorer le code de l’application.
Signaler un bug
Rendez-vous ici pour signaler un bug.
Soutenez-nous
LinkR est soutenu par l’association Interhop, qui promeut l’open source et l’interopérabilité dans le domaine de la santé.
Vous pouvez faire un don ici.
Contact
Email: linkr-app@pm.me.